1、建立规范与固定的三省六部制
隋文帝建立的朝政机构，是尚书、门下、内史三省，其长官分别为尚书仆射、纳言和内史令。杨坚建立隋皇朝后，按照内史崔仲方的建议，建立以尚书、门下、内史三省以及尚书省六部为核心的朝政机构。隋代朝官制度的最大特点，是集东汉以来朝官制度发展变化之大成，并使其规范化和固定化。
(1)尚书省：尚书作为官职，始设于秦代，但仅是少府属官。西汉武帝时，开始提高尚书的权力，赋予其决策的职能。到东汉光武帝时，尚书增加为六曹，并称为尚书台，成为实际上的国家政务中枢机构。到三国两晋时期，尚书台从少府中独立出来，称为“尚书省”，正式成为总理全国政务的最高机构。
隋代尚书省长官为尚书左仆射、尚书右仆射，尚书省是其运转的核心，所谓“朝之众务，总归于台阁，尚书省事无不总”。取代了三国两晋以来宰相的地位。纳言和内史令虽然同时执掌政务，但隋代并未称之为宰相。尚书省下设吏部、礼部、兵部、都官、度支、工部六曹，其长官六曹尚书，与左右仆射共称为八座，其下分辖三十六个侍郎，负责朝廷日常行政事务，是为隋皇朝的最高政务机构。尚书省编制共五十四人。
(2)门下省：门下省来源于秦代的皇帝侍从官，汉代作为外朝官吏的加官，还未形成官署机构。到曹魏时始称为“侍中省”和“散骑省”，到南北朝时期，才开始称为“门下省”。门下省由掌管对皇帝诏令的传达，逐渐拥有对诏奏的封还与驳正之权，开始形成与尚书、中书两省对朝政决策权力鼎足而三分的态势。由于门下省从汉代皇帝侍从官演变而来，所以到南北朝末期，仍然负有侍奉皇帝生活起居，如饮食、医药、车马等事务，其宫官性质十分浓重。如北齐的门下省，下辖有尚食、尚药、主衣、斋帅、殿中诸局，这些完全是侍奉皇帝的机构。到南北朝末期，尚书、中书、门下三省的机构及其在朝廷决策行政系统中的职权地位，虽已基本定型，但其职权的专业化及机构的规范化过程，则还未最后完成。隋文帝正是在这一历史演变的基础上，进一步对三省制度进行调整使其规范化。
门下省，下设给事黄门侍郎、散骑常侍、通直散骑常侍、谏议大夫、散骑侍郎、通直散骑侍郎四至六人，给事二十人，负责随待皇帝，封驳诏奏，对朝廷决策进行评议。如柳雄亮在隋文帝时作给事黄门侍郎，“尚书省凡有奏事，雄亮多所驳正，深为公卿所惮”。门下省编制共一百九十一人。
(3)内史省：内史省即后来的中书省，为汉武帝时所设置，以宦官担任，在内廷帮助皇帝传达诏令。曹魏时正式设立中书省，成为独立的为皇帝起草诏令的机构。历两晋南北朝，形成了中书决策，尚书执行的格局。但南北朝后期的北齐、北周的中书省兼职太多，如修国史、管理宫廷伎乐、判理刑狱等，不利于决策的专门化。
内史省，下设侍郎、舍人、通事舍人四至十六人，负责起草皇帝诏令。虞世基在炀帝时作内史待郎，“时天下多事，四方表奏日有百数，帝方凝重，事不廷决。入阁之后，始召世基口授节度。世基至省，方为敕书，日且百纸，无所遗谬”。内史省编制共四十四人。
2、秘书省和内侍省
隋文帝时期的朝廷官制还建有秘书省和内侍省。秘书省以秘书监、丞为长官，下设秘书部、校书郎等职，负责皇室图书文籍。内侍省，以内侍为长官，下设内给事、内谒者监等职，负责皇帝的饮食起居。这两个机构虽也称省，但其地位与权力都远不能与尚书、中书、门下三省相比，实际上是皇室宫廷机构。
3、御史台
隋代同样按照三国两晋以来的惯例，设置御史台作为朝廷监察机构，以御史大夫为长官，下设治书侍御史、待御史、殿内侍御史和监察御史二人至十二人。但御史大夫在隋代权势很大，往往参与朝廷决策。如裴蕴在炀帝时任御史大夫，“与裴矩、虞世基参掌机密”。
4、诸寺监机构
除了朝廷政务及监察机构的设置外，隋文帝时，仍然沿袭汉魏以来传统，设置诸寺作为朝廷事务机构，以具体执行诏令决策。它们包括太常、光禄、卫尉、宗正、太仆、大理、鸿胪、司农、太府、国子，将作十一寺，每寺设置卿和少卿各一人作为正副长官，以下分设丞、主簿、录事等官职。国子寺长官则为祭酒，将作寺长官为大匠。
(1)太常寺负责皇帝祭祀、音乐、医药、卜筮等事务，统辖郊社、太庙、太乐、太医、太卜等署，编制为三百四十七人。
(2)光禄寺负责皇室饮食，统辖太官、肴藏、良酝、掌醢等署，编制为一百零六人。
(3)卫尉寺负责朝廷仪仗及守卫武库，统辖公车、武库、守宫等署，编制为十七人。
(4)宗正寺负责皇族宗谱等事务，编制九人。
(5)太仆寺负责皇室车马，统辖骅骝、车府、典牧牛羊等署，编制一百四十八人。
(6)大理寺负责官吏犯罪及平民死刑的复审，编制五十七人。
(7)鸿胪寺负责国家宾客的接待及道教的管理，统典客、司仪、崇玄等署，编制四十三人。
(8)司农寺负责国家仓库、林苑、市场及薪炭供应等事务，统太仓、平准、上林、导官等署，编制八十二人。
(9)太府寺负责皇室及官府手工业，统左藏、右藏、左尚方、右尚方、司染、掌冶等署，编制七十四人。
(10)国子寺负责朝廷官学，统国子、太学、四门和书算学，加学生在内的编制为一千零二十一人。
(11)将作寺负责国家土木工程，统左右校署，编制三十八人。
5、朝廷行政机构的运行与调整
从隋代朝廷官制的职权结构来划分，尚书、中书、门下三省，属于朝廷政务机构，负责决策与颁布政令。太常等十一寺，则属于朝廷事务机构，承接尚书省政令而具体执行。这一朝廷官制系统的出现，表明从秦汉以来的以丞相、太尉、御史大夫三公为皇朝决策机构、九卿为事务执行机构的传统权力格局向三省六部及寺监制的演变过程，终于在隋代最后确立和固定下来。
不过，在隋代朝廷决策的过程中，由于隋文帝与隋炀帝的专权独断，三省的分工与运行并不正常。如隋文帝的勤于听受、百僚奏请、多有烦碎，又如隋文帝乃至营造细小之事、出给轻微之物、一日之内、酬答百司、乃至日旰忘食、夜分未寝。实际上夺取了宰相的职权。
隋炀帝即位后，在大业三年(607)对朝官制度曾作调整。主要包括：在尚书省六部，改诸司侍郎为郎，并在六部各设侍郎一人，作为各部尚书的副手。在门下省，增设给事郎官职，负责“省读奏案”，位于黄门侍郎之下，同时废除散骑常侍以下官职。增设殿内省，负责皇帝和皇族的生活起居。同时改内侍省为长秋监，国子学为国子监，将作寺为将作监，分太府寺为少府监，加上原有的都水监，共为五监。增设谒者台、司隶台，与御史台共为三台，负责京城和地方的监察事务。隋炀帝对朝官制的调整，虽然涉及面广泛，但并未改变三省六部寺监制的行政权力分配和运行方式。
6、武官和东宫官
除了三省六部、御史台及诸寺监这一皇朝决策、执行、监察系统外，隋代朝官制还有武官和东宫官两个重要部分。
隋代的朝廷武官名称前后变化较大，隋炀帝时分为左右翊卫、左右骑尉、左右武卫、左右屯卫、左右御卫、左右候卫十二卫，每卫设置大将军一人，将军二人，作为全国府兵的统帅，将军之下设置郎将、长史、参军等官职。十二卫之外，另设置左右备身府和左右监门府，每府置郎将一人，统领宫廷卫士和守卫宫城、京城诸门。
隋代后期的东宫官职，主要包括门下坊、典书坊、家令寺、率更寺、仆寺二坊三寺。门下坊和典书坊分别设置左庶子、右庶子、舍人等官职，家令寺等三寺则设置丞、录事等官职，负责太子的生活起居及东宫文书等事务。此外，还设置左右侍率、左右武侍率、左右虞候率、左右内率、左右宫门将八率二将，负责太子的警卫。
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