处于风口浪尖的南科大改革，再次被直逼到最危险的地步。
长期以来，人们看到的是南科大的“外患”，即它在改革中不可避免遭遇的体制性冲突和抗争。参与南科大改革的香港科大的3位教授退出合作团队，并发布言辞尖锐的“大字报”，使它内在的治理危机得以暴露，如没有建立理事会，没有章程，没有形成教师团队，没有形成有效的决策机制等等。社会舆论由热望跌入失望。
耐人寻味的是，在政府与学校的纠结之外，出现了学生、家长与不同意见、舆论的冲突。与香港科大教授严厉的批评意见截然相反，南科大的学生家长发表公开信旗帜鲜明地力挺改革。不久前，当面临来自政府必须参加高考的压力时，学生毅然拒考，宣称甘愿成为教育改革的“小白鼠”，立志“抛下铁文凭，捡起真本事”。改革第一线的师生用坚持改革的行动回应着社会“红旗到底能打多久”的疑虑。
面对南科大的改革困境，人们从各方面进行反思，例如关于媒体过度参与的负面效应。的确，在聚光灯和显微镜下，坏事难做，好事也做不成，媒体的热捧和苛评在一定程度上满足的是媒体自身的需要。然而，也许不能埋怨舆论热炒、社会关注过度。南科大作为举国瞩目的教育改革标本和标杆，几乎是进行实质性的高校体制改革唯一的试点，寄托着全国公众巨大的情感和希望，实在太少太稀罕，不能不被关注。基于同样理由，南科大必须大胆地往前走，不能任其失败。因而，当前最重要的，是各方给力破解南科大改革的困境，给改革以希望。
对南科大改革困局的不同认识，也来自不同的方法论。首先，需要破除政府要求遵循现行制度的成规。南科大的困境来自这样一个改革悖论：如果放权，则无规矩可言；如果维护常规，则无改革可言。然而，要求实质性的改革合法合规，本身是不合理的。南科大去行政化、自主办学、自授学位的改革，必然意味着破旧立新、打破常规；如果循规蹈矩，照章办事，那就没有改革。在这方面，需要学习的主要是政府。改革的方法论就是在上个世纪80年代改革中，胡耀邦同志对深圳的批示“新事新办、特事特办，立场不变，方法全新”。《国家中长期教育改革和发展规划纲要》明确指出“要以体制机制改革为重点，鼓励地方和学校大胆探索和试验，”现在需要的主要是政府主管部门的实际行动。
此外，要消解基于国外制度变革的成规，对改革的程序性、规范性的理想化追求。在法治社会的西方国家，重大制度变革往往从“变法”开始，要在议会进行旷日持久的修法、立法讨论，通过后辅以财政支持依法推行。例如日本国立大学独立法人化的改革，立法过程就长达十年。香港科技大学的创建则是学术自治的典范，由一个高水平的学术团队合作完成，其筹谋规划包括组建理事会、遴选校长、起草章程、全球招聘教师等等，全部过程严谨周密，中规中矩，堪称完美。对此，不能不说“中国国情”。中国各个领域的改革基本是一脚深一脚浅“摸着石头”过来的，从上到下强调的是抓住机遇，抓住“老鼠”，顶着“原罪”创造了中国的经济奇迹。这样说绝不是否认规划、规范和程序重要性，而是对实际的改革进程多一些理解，多一些宽容。
囿于外国成规的另一方面，是以西方成熟的大学制度为归依，要求学步者步步到位，不允许有趔趄和偏差。这种要求无瑕完人、一步到位的思维，同样有悖改革实际，因为任何现实的改革都是不同利益、不同价值平衡妥协的结果，很难符合从想当然出发的理想。中国大学自主办学、自授学位的办学自主权，注定只能是一点点争取而来，这是与香港、国外完全不同之处。这种苛评所造成的后果，是使改革者处于舆论审判的道德劣势，吸引强大的火力而动辄得咎，左右为难；不改革的看客横加指责和看笑话，反而没有任何压力。
对改革的宽容，同时表现在给改革多一点时间和空间，不要急于求成、一锤定音。应当看到，南科大改革仍然在生长和创设之中。深圳市人民政府颁发《南方科技大学管理暂行办法》即将于7月1日生效，规范了政府与学校的基本关系，使得双方的行为有法可依。筹建之中的南科大理事会，更是一项意义重大的制度建设，从而确定南科大的法人治理结构，将学校的改革和发展置于制度化的保障和支持之下。然而，无论对大学还是政府，理事会治理模式都是一个全新的事物，需要从头开始，在实践中一点一滴地学习、建立和完善。实际地给力和支持，还有其他一些方面。例如，有专家建议建立教育部、广东省、深圳市等多方参与的机制，主动推进南科大改革；建议探索学历认证制度，对高教学历基于实际教学质量的评估认证，都是具有建设性的。