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脑的生理功能
1.主宰生命活动：“脑为元神之府”(《本草纲目》)，是生命的枢机，主宰人体的生命活动。在中国传统文化中，元气、元精、元神，称之为“先天之元”。狭义之神，又有元神、识神和欲神之分。元神来自先天，称先天之神，“先天神，元神也”(《武术汇宗》)，“元神，乃本来灵神，非思虑之神”(《寿世传真》)：人在出生之前，形体毕具，形具而神生。人始生先成精，精成而脑髓生。人出生之前随形具而生之神，即为元神。元神藏于脑中，为生命的主宰。“元神，即吾真心中之主宰也”(《乐育堂语录》)。元神存则有生命，元神败则人即死。得神则生，失神则死。因为脑为元神之府，元神为生命的枢机，故“脑不可伤，若针刺时，刺头，中脑户，人脑立死”(《素问刺禁论》)，“针人脑则真气泄，故立死”(《类经针刺类》)。
2.主精神意识：人的精神活动，包括思维意识和情志活动等，都是客观外界事物反映于脑的结果。思维意识是精神活动的高级形式，是“任物”的结果。中医学一方面强调“所以任物者谓之心”(《灵枢本神》)，心是思维的主要器官;另一方面也认识到“灵性记忆不在心而在脑”(《医林改错》)。“脑为元神府，精髓之海，实记忆所凭也”(《类证治裁卷之三》)，这种思维意识活动是在元神功能基础上，后天获得的思虑识见活动，属识神范畴。识神，又称思虑之神，是后天之神：故曰：“脑中为元神，心中为识神。元神者，藏于脑，无思无虑，自然虚灵也。识神者，发于心，有思有虑，灵而不虚也”(《医学衷中参西录人身神明诠》)，情志活动是人对外界刺激的一种反应形式，也是一种精神活动，与人的情感、情绪、欲望等心身需求有关。属欲神范畴。
总之，脑具有精神、意识、思维功能，为精神、意识、思维活动的枢纽，“为一身之宗，百神之会”(《修真十书》)。脑主精神意识的功能正常，则精神饱满，意识清楚，思维灵敏，记忆力强，语言清晰，情志正常。否则，便出现神明功能异常。
3.主感觉运动：眼耳口鼻舌为五脏外窍，皆位于头面，与脑相通。人的视、听、言、动等，皆与脑有密切关系。“五官居于身上，为知觉之具，耳目口鼻聚于首，最显最高，便于接物。耳目口鼻之所导人，最近于脑，必以脑先受其象而觉之，而寄之，而存之也”(《医学原始》)。“两耳通脑，所听之声归脑;两目系如线长于脑，所见之物归脑;鼻通于脑，所闻香臭归于脑;小儿周岁脑渐生，舌能言一二字”(《医林改错》)。
脑为元神之府，散动觉之气于筋而达百节，为周身连接之要领，而令之运动。脑统领肢体，与肢体运动紧密相关。“脑散动觉之气，厥用在筋，第脑距身远，不及引筋以达四肢，复得颈节膂髓，连脑为一，因遍及焉”(《内镜》)。脑髓充盈，身体轻劲有力。否则，胫酸乏其功能失常，不论虚实，都会表现为听觉失聪，视物不明，嗅觉不灵，感觉异常，运动失。
总之，脑实则神全。“脑者人身之大主，又曰元神之府”，“脑气筋人五官脏腑，以司视听言动”，“人身能知觉运动，及能记忆古今，应对万物者，无非脑之权也”(《医易一理》)。
肉的生理功能
(1)主司运动：人体各种形式的运动，均需肌肉、筋膜和骨节的协调合作，但主要靠肌肉的舒缩活动来完成。肌肉收缩弛张，始能动作。故曰：“二十岁，血气始盛，肌肉方长，故好趋;三十岁，五脏大定，肌肉紧固，血脉盛满，故好步”(《灵枢天年》)。
(2)保护脏器：“肉为墙”(《灵枢经脉》)。墙，障壁之谓，房屋或园场周围的障壁称之为墙。墙具有屏障作用。“肉为墙”，意即肌肉起着屏障作用。肌肉既可保护内在脏器，缓冲外力的损伤，又可抗拒外邪的侵袭。如“肉不坚，腠理疏，则善病风”(《灵枢五变》)。
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