目前牛津大学是由三十九所学院及由教会设立的七所永久私人学院（Permanent private halls）合组而成。最老的据说是默顿学院(Merton College)，建于1264年，最年轻的叫沃尔夫森学院(Wolfson College)，建于1966年，两个学院相差整整七个世纪。学院的名称听起来很奇怪，其实不少学院的命名是很偶然的原因。比如，基督教堂学院(Christ Church)，是因为牛津城最古老的大教堂就在学院之内；万灵学院(All Soul's College)是为了纪念百年战争战死者的英灵；奥列尔学院(Oriel College)则因为刚刚建立的时候，学院买了一所名叫“奥列尔”（意为黄莺）的房子。还有所学院叫“布拉斯诺兹” (Brasenose College)，这个字是由英语“铜鼻子”一词演变过来的，因为学院大门上的铜门环很像个鼻子，而且至今还供在学院的餐厅里。学院也不按专业划分，但在发展过程中，各个学院渐渐形成了各自的特点。比如，基督教堂学院(Christ Church)以浓厚的贵族气氛著称；默顿学院(Merton College)出了不少诗人；圣埃德穆学院(St Edmund Hall)特别喜欢招收运动员；奥列尔学院(Oriel College)侧重培养牧师；摩德林学院 (Magdalen College)有许多赛艇高手。这些学院彼此平等，学生可以在任何一所学院学习，直到毕业。
除七所学院以招收研究生为限外，其余三十二所学院及七所永久私人学院均招收大学部学生（或兼收研究生）。这些学院，有些是仅收男生(如Oriel）或女生(如St. Hilda's、St. Hugh's及Somerville三校），而多数是两者兼收的。就学院本身而言，都各自拥有相当自主的管理权力。学院订定自己的院规，筹募所需的财务来源，并招收自己所选择的学生。不过任何人欲至牛津大学就读，均须同时获得大学系所及学院入学的同意，方视为正式被许可入学之规定，亦为牛津、剑桥两校特殊之处。学院最大功能除要照料学生食宿外，并安排各类体育、团体社交活动，负责指派导师（tutor）照顾学生。由于各学院财务状况不一，有的学院很有钱，有广大的场地及良好的设备或福利，像客房（guest house）、图书馆及研究室等。而大学所扮演的角色，主要是向外代表各学院，统一安排全校课堂讲授(lecture)及讨论会（Seminar），以及统一颁发毕业文凭等工作。因此就实质情况来看，学生和所属学院的关系，远超过了大学。
英国牛津大学的下属学院的主要功能在提供膳宿及导师，所以各学院有专精领域，限制申请者所就读之科系。由于各学院师资设备叁差不齐，招收学生人员互异，住宿年限规定也不尽相同。像Nuffield College以社会科学为主，每年仅招收二十五名研究生，但每位研究生一旦获准入学，即配有研究室，其图书设备亦相当齐全，该学院号称全校最有钱的学院之一。
申请牛津大学入学许可时，申请表上即有一栏，要申请者选列四所学院，按喜好顺序排列。此一顺序关系能否获准入学。如将较有名气之学院列于其他学院之后，则获准入学机会就大打折扣。因此，填写申请表之前，必须详细阅读牛津大学简介，就所学专长之学院先予申请，最好是能事先与学院专家教授取得联系，就你的研究计划与所发表之文章一并送上，如果能获得学院教授的青睐，那就等于获准入学，教授自然会主动向学院入学许可办公室（Oxford Colleges Office）要求接纳你成为研究生。同时，这种事前建立好的师生关系，将更有助于未来研究工作的顺利进行。
导师制度
牛津学生课业主要经由两种方式进行：一是课堂讲授的安排，而各学院则提供导师人选。当然，若干学院的师资也同时受聘为大学教授，针对某个专题开课，供各个学院的学生来选读。学生申请入学时，一般是由各学院相关学科的教授，审查申请文件。而其中的一位教授，则成为日后学生专修科目的导师。此为英国教育上最著称的导师制度（tutorial）。导师在学期中，每周和学生见面一次，每次上课，学生必须针对导师所开书目或指定问题，准备一篇研究心得或短文。在师生研讨过程中，首先由学生先宣读自己的文章，而后由导师或另一名参与讨论的学生就文章论点进行辨论及讨论。据一位教授说，导师制的精神在于训练学生逻辑思考及临场反应能力。同时对于8周一期密集学期制的牛津学生而言，导师可以随时清晰的了解学生研习的情况，此举便显得更有必要。
学制与学位
基本上，英国学士以上的学位可依进修的方式加以区分：一种是经由课程的修习而得（by courses），此可包括证书（certificate）、文凭（diploma）及硕士学位；另一种则系以论文研究为主（by research），此包括硕士及博士学位两种。硕士学位课程安排是一年或二年为期，其较通用的学位名称是以MA及MSc为主。牛津及剑桥的MA，并不需要特别再入学攻读课程，对其大学毕业生经过某段期间（三年）缴付少许证书费用者亦颁与MA学位。
以研究为主的硕士学位其研习期间至少需时二年，博士学位为期至少三年。换言之，至少需要在学校注册三年，始能提交论文。若系原以硕士为目标，而后攻读博士学位者，其硕士学位研习期间往往亦可合并计算。另外，凡攻读硕士学位者，如指导教授认为满意，可在修习硕士一年后，申请转入博士学位之研究，其第一年之修业期间可合计于博士修业年资中。至于其以研究为主的学位名称，较常见的为M.Phil及Ph. D.（或称D. Phil），牛津大学的研究硕士称为M. Litt. (Master of Letters)。至于Doctor of Letters (D. Litt.)以及Doctor of Science（DSc）两种博士学位，通常是颁授给在各科领域中有极杰出贡献者，属于高级博士学位（Senior Doctorates）的一种，亦有时带有荣誉学位的性质。
