一連の問題について、菅総理大臣は「日中双方が冷静に努力していくことが必要だ」と述べ、日中関係の改善に期待感をにじませました。
国連総会出席のためニューヨークを訪れていた菅総理は記者団に対し、船長の釈放はあくまで検察当局の判断と強調した上で、次のように述べました。
「戦略的互恵関係を深めるため、冷静に日中双方が努力をしていくことが必要」（菅首相）
船長の釈放をめぐっては菅総理への報告が大幅に遅れた可能性が指摘されるなど、外遊中とはいえ、一連の問題処理が仙谷官房長官任せだったとの指摘もあります。
「国内法に則って対応されたということでありますし、今回、検察がそういう判断をされたということについては、これは政府の一つの機関が決めたことでございますので、我々はその対応に従うということでございます。いずれにしても、東シナ海において領土問題は存在しないと。また、これから同じような事案が起きた場合には日本がしっかりと、毅然と対応していくということに変わりはないと思います」（前原誠司外相、ニューヨーク・２４日）
また、前原外務大臣は船長の釈放についてこのように述べた上で、中国外務省が日本側に謝罪と賠償を求めたことについては「中身を見ていないのでコメントは控えたい」と述べるにとどめました。（25日13:23）
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