东京理科大学的前身是东京物理学校，是由21名理工科物理系毕业生在1881年创建的。东京理科大学拥有128年的历史，其前身为1881年成立的东京物理学讲习所，1883年改称东京物理学校，1949年更改为现在的校名。现今，东京理科大学拥有8个学部、10个大学院研究科，并开设了夜间学部课程以及供社会人士进修的专攻科课程，这在私立大学中是很少见的。
东京理科大学有四个校区，分别是神乐坂校区、野田校区、久喜校区和长万部校区。神乐坂校区位于东京都，设有神乐坂和九段两个校园，是理学部第一部、理学部第二部、工学部第一部、工学部第一部和理学专攻科所在地;野田校区位于千叶县，那里有药学部、理工学部和基础工学部二年级以上的学生;久喜校区位于琦玉县，经营学部设在这里;长万部校区位于北海道，基础工业学部一年级的学生在这里学习。
本科课程设置
| 理学部第一部 | 数学科、数理信息科学科、物理学科、应用物理学科、化学科、应用化学科 |
| 工学部第一部 | 建筑学科、工业化学科、电气工学科、经营工学科、机械工学科 |
| 药学部 | 药学科、药学生命科学科 |
| 理工学部 | 数学科、物理学科、信息科学科、应用生物科学科、建筑学科、理论及应用化学科、电气工学科、工业管理学科、机械工学科、土木工学科 |
| 基础工学部 | 电子应用工学科、材料工学科、生物工学科 |
| 经营学部 | 经营学科 |
| 理学部第二部 | 数学科、物理学科、化学科 |
| 工学部第二部 | 建筑学科、电气工学科、经营工学科 |
研究科课程设置
| 理学研究科 | 数学、物理学、应用物理学、数理信息科学 |
| 工学研究科 | 建筑学科、工业化学科、电气工学科、经营工学科、机械工学科 |
| 综合化学研究科 | 综合化学 |
| 科学教育研究科 | 科学教育 |
| 药学研究科 | 药学 |
| 理工研究科 | 数学、物理学、信息科学、应用生物科学、建筑学、理论及应用化学、电气工学、经营工学、机械工学、土木工学 |
| 基础工学研究科 | 电子应用工学、材料工学、生物工学 |
| 经营学研究科 | 经营学 |
| 生命科学研究科 | 生命科学 |
| 综合科学技术经营研究科 | 综合科学技术经营(MOT)、知识产权战略(MIP)。注：该研究科为专门职学位课程。 |
