伯尔尼大学创建历史可以追溯到十六世纪早期建立的神学院，当时建校的目的是为宗教改革培养清教徒牧师。学校在建校时拥有3位教授，到十七世纪末拥有6位教授。到十八世纪学校在人文和神学领域一直处于统治地位。在启蒙运动开始之初，建立起了法学和数学教育。1805年伯尔尼政府改革整个高等教育体系，学校从原先的神学院扩展为拥有四个系的大学院，至此学校不仅培养牧师同时为社会输送律师和医师(包括内科学和兽医学)，其中哲学系(包括人文和自然科学)为其他三个系提供基础教育。
伯尔尼大学下辖神学院，法学院，经济与社会科学学院，医学院，Vetsuisse动物学院，人文学院，人类科学学院，科学学院等八个学院。
伯尔尼大学提供本科、硕士和博士层次的高等教育，该校开设的专业丰富多彩，比如神学，工商管理学，法律，政治科学，社会学，医学，艺术史，戏剧，考古学，东方文化研究，哲学，牙科学，宗教研究，地理学，物理学，生物学，化学与分子科学，统计学，体育等等。
本科专业
| 院系 | 专业 |
| 神学、宗教研究 | 古天主教神学 新教神学 宗教学 |
| 法律、犯罪学、刑事学 | 法律 |
| 经济学、工商管理和政治学 | 工商管理 政治经济学 政治学 |
| 社会科学、社会工作 | 教育学 人种学 地理学/人类地理学 心理学 宗教学 社会人类学 社会学 |
| 语言、文学研究、通讯学、信息学 | 古典语言学 英语研究 法语研究 德语研究/德语文学/语言学 意大利研究 语言学 东方文化研究 斯拉夫语研究 西班牙语研究 |
| 历史、考古学 | 考古学 艺术史 历史 |
| 人文学科、艺术研究 | 艺术史 音乐研究 哲学 剧场研究/舞蹈研究 |
| 科学、数学 | 生物化学(分子生物学) 化学(和分子科学) 地球科学 地理学/人类地理学 数学 物理学（/天文学） |
| 计算机科学和电信学 | 计算机科学 |
| 体育和人类运动科学 | 体育和体育科学 |
| 教师资格 | 教育学 |
硕士课程
| 院系 | 专业 |
| 神学、宗教研究 | 伊斯兰/阿拉伯学(文学) 古天主教神学 新教神学 宗教学 |
| 法律、犯罪学、刑事学 | 法律 |
| 经济学、工商管理和政治学 | 工商管理 政治经济学 政治学 |
| 医学、制药学、健康学 | 生物医学工程 |
| 社会科学、社会工作 | 跨国人类学 教育学 人种学 地理学/人类地理学 心理学 宗教学 社会人类学 社会学 |
| 语言、文学研究、通讯学、信息学 | 中亚文化科学 古典语言学 英语研究 法语研究 普通（和比较）文学 德语研究/德语文学/语言学 伊斯兰/阿拉伯学 (文学) 意大利研究 语言学 中亚研究 斯拉夫语研究 西班牙语研究 |
| 历史、考古学 | 考古学 艺术史 欧洲考古学 历史 科学历史和理论 |
| 人文学科、艺术研究 | 艺术史 伊斯兰/阿拉伯研究(和东方文学) 音乐研究 哲学 政治和经济哲学 剧场研究/舞蹈研究 科学历史和理论 |
| 科学、数学 | 大气或气候科学 生物学 生物医学工程 化学(和分子科学) 地球科学 生态学（和进化论） 地理学/人类地理学 数学 分子寿命科学 物理学（/天文学） 统计学 |
| 计算机科学和电信学 | 计算机科学 |
| 工程、建筑 | 生物医学工程 |
| 体育和人类运动科学 | 体育和体育科学 |
| 教师资格 | 教育学 |
