本轮机构改革中，食品安全监管领域无疑是重点之一。根据方案，组建国家食品药品监督管理总局，将以前分散的、涉及食品药品生产、流通、消费等环节监管的几个部门整合，实行统一监管。
从改变食品安全的分段监管，到减少各种审批、许可、收费，此次改革，职能怎么转，决定了机构怎么调。许多问题通过职能转变来解决，比单纯的机构调整更有意义。但要看到，职能转变不是按个钮就能换频道，而是涉及职能转移、下放、整合和加强的系统工程。这也决定了，机构改革不是画个圈写个“拆”字那么简单，不转变职能，减下去的机构还会再生。十八大报告要求，政府职能要向“创造良好发展环境、提供优质公共服务、维护社会公平正义”转变，政府机构改革也应该以此为目标，既要“瘦身”，更要“健身”。全国人大代表张兆安说，职能转变比机构改革更重要。否则，不管“大部制”还是“小部制”，都是换汤不换药，都难摆脱“分久必合、合久必分”的历史循环。
相比前几次的国务院机构改革方案，此次方案在题目中增加了“职能转变”四个字，并将“机构改革”与“职能转变”分两部分论述。一些专家也提出，从今后的实施来看，相比机构上的整合调整，政府职能转变是改革的核心，也更加任重道远。
每一次改革都应该是下一次改革的铺路石。上层建筑需要不断适应经济基础的发展要求，但这是一个不断调整的过程，不可能一蹴而就。正如习近平同志所言，改革没有完成时，还需奋力，还需探索，还需时间，还需进一步积累共识和经验，条件成熟时再作推进。积极稳妥、循序渐进，抓主要矛盾、看主要方面，这不仅适用于政府机构改革，更大范围内的改革，又何尝不是如此?
不仅是处理好政府与市场、政府与社会的关系，职能转变同样强调处理好中央与地方的关系。方案中提出将更多的权力“下放地方”，并给地方机构改革探索留下余地，地方机构设置不要求完全上下对口。从全能型转向有限责任型，从经济型转向服务型，这无疑是转变政府职能的核心含义。
加快依法行政同样是这份方案关注的重点。要求严格按照法定权限和程序履行职责，确保法律、行政法规有效执行。国务院和国务院各部门要带头维护宪法法律权威，发挥法律的引导和推动作用。
各地区要按照中央部署和要求，深化行政体制改革，把职能转变放在更加突出位置，充分发挥市场机制的作用，更好发挥社会组织和基层群众性自治组织的作用，着力加强市场监管、社会管理和公共服务，切实维护市场秩序和社会和谐稳定。为给地方机构改革探索留下余地，地方机构设置不要求完全上下对口。
各部门要充分认识这次改革的重要意义。涉及机构变动的部门，要服从大局，确保机构、职责、队伍和装备等按要求及时调整到位，确保人心不散、队伍不乱、工作不断。这次改革突出了职能转变，各部门都要在一定期限内完成职能转变各项任务，该取消的必须取消，该下放的必须下放，该整合的必须整合，该加强的切实加强，确保职能转变取得实质性进展。各部门要加强公务员队伍建设和政风建设，适应职能转变的新要求，创新管理观念，改进工作方式，转变工作作风，纠正“门难进、脸难看、事难办”的官僚衙门习气，提高工作效率和服务水平，提高政府公信力和执行力。
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