奥塔哥大学有全新西兰第一所医学院，并且是南岛的医学研究中心，由于是第一个将试管婴儿付诸实际的医学中心，因此在世界上享有盛名。奥塔哥大学也有全新西兰唯一的牙医学校，其国际排名更是在前十名内，且为大洋洲第一名，此外，奥塔哥大学也是南岛唯一设有药学、理疗、医学实验等科系的学校。这所医学院至今依旧闻名，其入学的要求与一般大学相同，第一年所有学生都要学习必修科目，然后依成绩决定往后的专业科系。 学校其他非医学科系，如生理、解剖等也是世界有名的，新兴科系如生化、基因工程，或者是基础科学如物理、化学、数学等...