二是评估成果的利用效力不高。纳税评估的一个重要目的是促进管理，但是从目前的情况来看，在很大程度上把纳税评估视为稽查，以收入的多少作为衡量工作成效的主要尺度，对在评估工作中发现的税收管理中存在的问题重视不够，还没有有权威的工作建议向管理部门提交，纳税人在纳税上存在的问题现在解决了，下段期间又会发生，不能从根本上堵塞税收漏洞。
三是纳税评估刚性不足，有的问题不好解决。例如：评估中发现的纳税人销售价格偏低应予调整的问题，所得税评估中纳税人帐簿不全，少计收入应予核定征收的问题等等，这些问题应当作为日常管理处理，不便于移交稽查查处，应当使用适当的执法文书进行处理，增强税收管理的刚性。
四是专班评估中的税务约谈不方便，评估专班人员没有直接管户，要约谈纳税人需要通过税收管理员联系，文书需要管理员送达，最后纳税人找专班人员约谈，三方衔接稍有不畅工作就不能顺利完成，增加了税收管理员的工作量，税务约谈变成了上门询问。
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