2、经济效益审计的随意性大。目前，医院经济效益审计的法规和规范尚未健全，审计操作存在着很多困难，审计人员进行经济效益审计过多依据自身的理解和判断，因此在经济效益审计的目标、标准、程序、方法及报告等方面存在着较大的随意性，在专业判断上也难以达到一致性和客观性要求，不能体现经济效益审计的独特价值。
3、管理审计的力度不强。由于不少医院对于管理审计在医院经济发展中的重要作用认识不够，不少医院的领导对于管理审计所能提供的评价、咨询等作用缺乏全面正确的理解，不明白管理审计的真正意义，从心理上排斥管理审计工作，很多医院未将管理审计工作纳入重要议事日程和正常管理轨道，因而投入的审计资源非常有限，致使医院管理审计的力度不强。
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