电子帐套可以存在本机硬盘上，也可通过网络存储在其他硬盘、磁带、光盘中。再次是稽查人员获取企业财务软件的基础信息的渠道过窄，虽然《征管法实施细则》第二十四条规定“纳税人使用计算机记账的应当在使用前将会计电算化系统的会计核算软件、使用说明书及有关资料报送主管税务机关备案“但是税务机关往往因为没有相应的运行环境和人员配置而无法试用。
这种情况下想在检查前深入了解财务软件的运用情况就受到相当程度制约。最后是信息化环境下对控管、检查企业财务数据的相关法律依据尚欠完善。征管法》及实施细则没有明确指出税务机关有检查、封存有关电子数据作为证据的权力。国税发[2003]年47号文虽明确了税务机关有开展电算化检查的权力，但法律位阶低，且对电子取证、电子检查的具体执法程序缺少规定。
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