转帐支票的审核内容同现金支票相同，在处理上是由会计记帐员审核记帐，会计复核员复核。这里需要说明的是一个入帐时间的问题。现金支票以及付款行为本行的转帐支票(如与储蓄所的内部往来，收付双方都是本行开户单位的)都是要直接入帐的。而对于收款人、出票人不在同一家行开户的情况下，如一些委托收款等的转帐支票，经过票据交换后才能入帐，由于县级支行未在当地人民银行开户，在会计账上就反映在“存放系统内款项”科目，而与央行直接接触的省级分行才使用“存放中央银行款项”科目。
而我们在学校里学习中比较了解的是后者。还有一些科目如“内部往来”，指会计部与储蓄部的资金划拨，如代企业发工资;“存放系统内款项”，指有隶属关系的下级行存放于上级行的清算备付金、调拨资金、存款准备金等。而我们熟知的是“存放中央银行款项”，则是与中央银行直接往来的省级分行所使用的会计科目。一些数额比较大的款项的支取(一般是大于或等于万元)要登记大额款项登记表，并且该笔款项的支票也要由会计主管签字后，方可支取。
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