科系和学院
奥塔哥大学有全新西兰第一所医学院，并且是南岛的医学研究中心，由于是第一个将试管婴儿付诸实际的医学中心，因此在世界上享有盛名。奥塔哥大学也有全新西兰唯一的牙医学校，其国际排名更是在前十名内，且为大洋洲第一名。此外，本校也是南岛唯一有药学、理疗、医学实验等科系的学校。这所医学院至今依旧闻名，其入学的要求与一般大学相同，只要在大学入学考试中考过三个科目便能就读，因此每年吸引近千名学生来此地就读，大家共修第一年科目，然后依成绩决定往后的专业科系。医学院每年录取一百八十位学生，牙医六十位，药学约一百八十位。若未进任何理想科目的学生，可转修其他科系，可用二年级成绩重新申请牙医或者是读完一个学位后，重新申请学士后医学院。
其他非医学科系，如生理，解剖等也是世界有名的，新兴科系如生化，基因工程，或者是基础科学如物理、化学、数学等也都有开课，另外还有商学和法学等科目。尤其是商学院，和奥克兰大学的商学院一样，闻名于新西兰，每年都有百多位国际留学生，来此地取得奥塔哥大学MBA的学位。
奥塔哥大学语言中心
奥塔哥大学语言中心希望攻读大学课程或者大学预科课程的学生提供强化英语和学习技巧的预科课程。语言中心是托福和雅思考试注册中心，课程为考试提供专门准备课程。
奥塔哥大学预科
奥塔哥大学为学生提供了一年的大学预科课程，为准备攻读学位的学生打好学术基础。这个课程与位于澳大利亚悉尼的新南威尔士大学联合提供。完成预科课程，达到所要求的标准后，保证学生能够进入相应的一年级课程学习。
